每块地表都有15颗巢穴，无人的巢穴意味着可作为殖民的对象。殖民的必要条件是要拥有蚁皇后，将蚁皇后派往选定的坐标执行「殖民」任务即可。切记蚁皇后上不要携带任何资源，因为殖民成功后蚁皇后连同携带的资源都会消失。一个玩家最大可以拥有八颗巢穴，包含一颗母巢穴和七颗殖民巢穴。

　　 殖民巢穴放弃/更名在该巢穴的概况页点击巢穴名称可进行巢穴放弃或改名。放弃巢穴时，该巢穴不能有部队活动，也不能正在研究或建筑。巢穴放弃后会以被摧毁的巢穴形式存在两天，可对其间谍或进攻。这段期间防御设施依然有作用，被摧毁的巢穴资源不会继续增加。殖民巢穴放弃后可立刻再进行殖民，同一位置的殖民须等到被摧毁的巢穴消失。
　　巢穴属性分布母巢穴的大小一率是163面积，殖民巢穴则可能有不同的变化。 通常编号4~9的巢穴为较大巢穴的机率较高，同时编号愈大的巢穴温度愈低。
　　殖民的巢穴需要要多少才足够呢？ 这要看你目前的目标。
　　如果你是刚开始发展，那一只蚁皇后是很珍贵的，殖民的方法可以分为2种。1、集中建造、2分散建造。2种殖民方式特色各有不同，可根据个人喜好进行不同方式的殖民
　　中期为发展期，大多会根据资源需求来选择地表大小，以全方位发展的巢穴会更好。但是如果是只发展单一项资源，像是食物场，则不需要那么大。如果是距离远的独立巢穴，也建议在 170 面积以上会比较好。
　　后期则是会根据战略需求选择殖民巢穴大小，看自己规划要建造多少设施来选择大小。
　　殖民巢穴的功能有人常问，我殖民巢穴放哪好？这个问题没有一定答案，每个人都各有喜好，也各有优缺点。有人喜欢独占一块地表，这样资源跟部队调动容易，可以你殖民巢穴完全暴露给对手知道；也有人喜欢散居各地，优缺点刚好何另一个相反；或是也可以两者的折衷，也是不错。
　　对侵略型玩家来说，还有另一个值得注意的方法，就是永远留一颗巢穴的空位，用来做攻击跳板，找到预定会长时间攻击的目标，在目标附近殖民，然后把那颗巢穴当前线基地，打到一定程度就跑。
　　资源巢穴：资源巢穴可以选择在母巢穴附近。
　　大后方：大后方则选择在后方资源存储地，大多都是跨地表。但是也有人专杀大后方。
　　攻击跳板：部队攻击跳板则选择目标巢穴附近，建筑主要是粘土为主，也可能就地建造部队。
　　第二母巢穴：母巢穴的位置不好，换个地方。